只要有可能，最好使用封閉和無菌的系統來收集幹細胞，這簡化了許多監管要求。如果採集系統也可以用於處理程序（包括冷凍保存），則對用戶更有吸引力。最後，由於大多數幹細胞採集將由在幹細胞採集方面具有或不具有豐富經驗的臨床醫生進行，因此採集系統應該易於使用，無需經過大量的先前培訓。儘管所有收集系統都是無菌的，但有時收集選項（操作簡單的封閉系統）會受到干細胞來源細節的限制，如以下各節所述。
骨髓
BM 衍生的 HSCs 通常是通過在半封閉系統中使用大注射器的外科手術收集的。在收集過程中，注射器用於從臀部的大竇抽取骨髓和血液並彙集。通常，進行 100--200 次注射器“拉動”，從而獲得 1,000-1,500 cc 的血液和骨髓。BM-MSC 收集使用了類似的方法，儘管收集量很少超過 200 cc，因為能夠在培養中輕鬆擴展 MSC。
動員的外周血
在受試者用 G-CSF、GM-CSF 或其他動員劑治療 3 天后，通過白細胞去除術收集 PBMC。也就是說，受試者每天連接到一台機器上 1-3 天，每天幾個小時，從外周循環中去除多餘的白細胞（包括幹細胞），同時將紅細胞和血漿返回給供體。使用可以無菌連接到封閉的自動化處理系統的封閉系統進行收集。通常，所使用的袋子的體積可以從 300 到 2,000 cc，並且它們可以與 EDTA 或 CPD 作為抗凝劑一起在市場上買到。
臍帶血
在 CB 收集方面存在多種選擇。最常用的方法是使用 300 毫升血袋（含有 EDTA、CPD 或肝素）或 60 毫升含有肝素的注射器。CB 的獨特之處在於，幹細胞採集是由幾乎沒有接受過外科培訓並且需要簡單、可靠的收集系統的產科醫生進行的。袋子和注射器都是封閉的收集系統。收集袋依靠重力來填充，而注射器需要“動手”互動才能成功。大多數幹細胞銀行使用袋子方法收集 CB，儘管許多 CB 銀行由於其經濟性也使用注射器方法（注射器花費幾美分購買）。這兩種方法通常會收集約 100 cc 的 CB，這些 CB 是常規無菌且臨床上有用的。
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